Hiện trường vụ tai nạn nằm ngoài tầm nhìn của các thiết bị định vị bay tiêu chuẩn và không thể nhìn thấy bằng tàu. Kết quả là chiếc Zero không được phát hiện và không bị quấy nhiễu trong vòng 1 tháng. Vào ngày 10 tháng 7 năm 1942, tàu bay PBY Catalina do Trung úy William "Bill" Thies làm hoa tiêu đã tìm ra xác máy bay. Chuyện là trong lúc đi tuần trên biển, tàu bay của Thies bị lạc đường. Khi quan sát thấy quần đảo Shumagin, ông định hướng lại tàu bay và quyết định trở về Dutch Harbor bằng đường bay thẳng nhất qua đảo Akutan. Trong quá trình đó, thợ máy Albert Knack (trưởng phi hành đoàn bảo dưỡng) đã phát hiện ra chiếc Zero của Koga. Tàu của Thies bay vòng quanh hiện trường trong vài phút, ghi lại vị trí của nó trên bản đồ và quay lại Dutch Harbor báo cáo. Sau đó, Thies thuyết phục sĩ quan chỉ huy Paul Foley trở lại Akutan cùng với đội cứu hộ. Ngày hôm sau (11 tháng 7), nhóm đã bắt đầu lên đường để kiểm tra máy bay. Nhiếp ảnh gia đồng hành cùng Hải quân là Arthur W. Bauman đã chụp những bức ảnh về quá trình làm việc của họ.[22]

Nhóm của Thies đưa thi thể của Koga ra khỏi máy bay bằng cách để Knack (thành viên nhỏ con nhất phi đoàn) bò vào trong máy bay và dùng dao cắt dây an toàn của nạn nhân ra. Họ tìm kiếm trong chiếc Zero bất cứ thứ gì có giá trị tình báo, sau đó chôn Koga trong một ngôi mộ cạn gần nơi xảy ra tai nạn. Thies cùng nhóm quay trở lại Dutch Harbor và báo cáo rằng chiếc máy bay có thể trục vớt. Ngày hôm sau (12 tháng 7), một đội cứu hộ dưới sự chỉ huy của Trung úy Robert Kirmse được điều động đến Akutan. Họ mai táng Koga theo nghi thức Kitô giáo ở một eo biển gần đó và bắt đầu tìm cách khôi phục máy bay. Tuy nhiên, do thiếu thiết bị hạng nặng nên mọi nỗ lực của họ không thành công. Vào ngày 15 tháng 7, đội sửa chữa thứ ba được cử đi. Lúc này, nhóm đã có thể giải cứu chiếc Zero khỏi vũng bùn và đưa nó lên một chiến sà lan gần đó một cách an toàn. Chiếc tiêm kích được đưa đến Dutch Harbor, lật đúng tư thế và làm sạch.[23]

Akutan Zero được đưa lên tàu USS St. Mihiel và vận chuyển đến Seattle vào ngày 1 tháng 8. Tại đó, nó tiếp tục đưa đi bằng sà lan đến Căn cứ Không lực Hải quân North Island gần San Diego, nơi việc sửa chữa có sự tiến hành cẩn thận. Những sửa chữa này "hầu hết bao gồm việc nắn thẳng bộ ổn định dọc, bánh lái, đầu cánh, cánh tà và vòm che. Thanh hạ cánh bị cắt rời nên tốn nhiều công sửa chữa hơn. Cánh quạt ba cánh Sumitomo được tân trang và tái sử dụng."[24] Vòng tròn Hinomaru màu đỏ của Zero được sơn lại bằng phù hiệu ngôi sao trắng, bao quanh là hình tròn màu xanh. Chiếc máy bay cũng được quân cảnh bảo vệ 24/24 để ngăn chặn những kẻ săn đồ lưu niệm làm hỏng máy bay. Chiếc Zero có thể cất cánh trở lại vào ngày 20 tháng 9.[25]